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Leider funktioniert das Add-On bei mir nicht in Thunderbird 6.0.2..Die Funktion wird bei den Ordner zwar angezeigt, ist aber blass und kann nicht ausgewählt werden. Schade.

Αυτή η αξιολόγηση γράφτηκε για παλιότερη έκδοση του πρόσθετου (1.0). 

Color Folders is working with my TB 6.0.2 (Win7).
Might you be on one of those Linuces with Gnome (like Ubuntu)? If so, use gconf-editor to turn on desktop \ gnome \ interface \ menus have icons.
This is one of "minor cosmetic issues on Linux" I mentioned as known issue.