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フィルタの設定で、差出人>アドレス帳にある>○○ と設定出来ますが、宛先>アドレス帳にある>○○ と設定出来ないため、@の後ろが同じ場合は全然違うフォルダに分類されてしまう。
宛先も同じように「アドレス帳にある」を選択出来れば良いと思います。
また、「このフィルタより後は無視する」などの設定も出来れば尚良い。

This review is for a previous version of the add-on (1.0). 

I just call the filters after you send a mail, I think what you want is need the response from TB develop team.